<html><head></head><body><link href='http://webmail.uos.ac.kr/sens-static/css/mail/mail_view_ko.css' rel='stylesheet' type='text/css'><table width=99% style='text-align:left;'><tr valign=top><td style="font-size:10pt">
<p>Dear Bálint,</p><p> </p><p>Thank you for your answers, Bálint.</p><p> </p><p>I have two questions as follows.</p><p> </p><p>1. The xyz format of DFTB+ has seven columns, that is, seven attributes per atom.</p><p>I suppose that the first three are for postion ans the last three are for velocity. Then, what does fourth column represent? </p><p> </p><p>2. For NPT simulation, three lattice constants should be stored at every MDRestartFrequency. Then, are these values additionally stored in the xyz file, compared to that of NVT ensemble?</p><p> </p><p>3. I'd like to know xx,yy,zz component (or -Pxx, -Pyy, -Pzz) of stress tensor. How can I know these values using DFTB+?</p><p> </p><p> </p><p>Best regards,</p><p>  Young</p><p> </p><p><br> </p><br><table style="width: 99%;" align="center">
<tbody>
<tr valign="top">
<td>
<p><span style="font-size: 10pt;">Research Professor</span></p>
<p><span style="font-size: 10pt;">Brain Korea 21 Plus, Department of Electrical and Computer Engineering</span></p>
<p><span style="font-size: 10pt;">University of Seoul, Seoul, Korea</span></p>
<p> </p>
</td>
</tr>
</tbody>
</table><blockquote style="padding: 0px 0px 0px 5px; margin-left: 5px; border-left-color: rgb(0, 0, 0); border-left-width: 2px; border-left-style: solid;" ><div style="line-height: 18px; font-size: 9pt;" >-----------------------원본메세지-----------------------<br>보낸사람: Bálint Aradi<aradi@uni-bremen.de><br>받는사람: dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de<br>보낸날짜: 2019-11-18 20:06:15 GMT +0900 (Asia/Seoul)<br>제목: Re: [DFTB-Plus-User] iterated process of MD jobs</div><br><br>Dear Young, <br> <br> > 1. Can I generate a file of last atomic velocities (similarly to <br> > geo_end.gen for the position) after completion of a MD work, so that I <br> > can insert it in the input of new work? <br> <br> Yes, currently the velocities are stored in the xyz geometry file in <br> columns 6 - 8. Those you can use to restart your calculation. They are, <br> however, in AA/ps, so make sure to specify the units of the velocities <br> in the DFTB+ input accordingly! <br> <br> > <br> > 2. For parallel running (4 prcoesses) of "mpirun -np 4 -machinefile <br> > $PBS_NODEFILE dftb+", do I have to explicitly describe group = 4 (not 1) <br> > in Parallel section? <br> <br> Groups only make sense, if you wan't to parallelise over k-points. (One <br> group deals with one k-point at a time). If you do not specify groups, <br> all processes will work on the same Hamiltonian. <br> <br> Rule of thumb: If you have a small Hamiltonian but many k-points, it may <br> make sense. If you don't have k-points, it does not. <br> <br> > What output file will be created for periodic saving (for <br> > MDRestartFrequecy) of cooridnates, velocties, charges of atoms? <br> <br> The xyz geometry file. <br> <br> Best regards, <br> <br> Bálint <br> <br> -- <br> Dr. Bálint Aradi <br> Bremen Center for Computational Materials Science, University of Bremen <br> <a href="http://www.bccms.uni-bremen.de/cms/people/b-aradi/" >http://www.bccms.uni-bremen.de/cms/people/b-aradi/</a> <br> <br> <br> _______________________________________________ DFTB-Plus-User mailing list DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de <a href="https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user" >https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user</a></blockquote></td></tr></table></body></html>

<img id='mailexp' width=0 heigh=0 border=0 src='http://webmail.uos.ac.kr/Mail?act=RECEIPT_CHECK&ukey=5dd3e03c3fe91b18664b9790&userid=yijhon&mhost=uos.ac.kr&ahost=d0001'></body></html>