<html><head></head><body><link href='http://webmail.uos.ac.kr/sens-static/css/mail/mail_view_ko.css' rel='stylesheet' type='text/css'><table width=99% style='text-align:left;'><tr valign=top><td style="font-size:10pt">
<p>Dear Bálint</p><p> </p><p>Thank you for answers, Bálint.</p><p>I have some questions on "output" fuction of DFTB+.</p><p> </p><p>1. Can I generate a file of last atomic velocities (similarly to geo_end.gen for the position) after completion of a MD work, so that I can insert it in the input of new work?</p><p> </p><p> </p><p>2. For parallel running (4 prcoesses) of "mpirun -np 4 -machinefile $PBS_NODEFILE dftb+", do I have to explicitly describe group = 4 (not 1) in Parallel section?</p><p>Otherwise, can I omit it?</p><p>Even though it was omitted, I found that "mpirun -np 4 ..." worked without error. Wasn't it parallelized despite "mpirun -p 4 ..."?</p><p> </p><p> </p><p>3. The manual indicates that use of MDRestartFrequency would enable to save cooridnate, velocties, and charges (if scc is used), while overriding certain output file for them every MDRestartFrequency.</p><p>What output file will be created for periodic saving (for MDRestartFrequecy) of cooridnates, velocties, charges of atoms? </p><p>After the completion of running, I cannot find information of atomic velocities in any output file (md.out, detailed.out and std.out).</p><p> </p><p> </p><p>Thank you very much.</p><p><br>Best regards,</p><p>Young</p><p><br> </p><p><br></p><br><table style="width: 99%;" align="center">
<tbody>
<tr valign="top">
<td>
<p><span style="font-size: 10pt;">Research Professor</span></p>
<p><span style="font-size: 10pt;">Brain Korea 21 Plus, Department of Electrical and Computer Engineering</span></p>
<p><span style="font-size: 10pt;">University of Seoul, Seoul, Korea</span></p>
<p> </p>
</td>
</tr>
</tbody>
</table><blockquote style="padding: 0px 0px 0px 5px; margin-left: 5px; border-left-color: rgb(0, 0, 0); border-left-width: 2px; border-left-style: solid;" ><div style="line-height: 18px; font-size: 9pt;" >-----------------------원본메세지-----------------------<br>보낸사람: Bálint Aradi<aradi@uni-bremen.de><br>받는사람: dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de<br>보낸날짜: 2019-11-14 21:07:29 GMT +0900 (Asia/Seoul)<br>제목: Re: [DFTB-Plus-User] iterated process of MD jobs</div><br><br>Dear Young, <br> <br> Welcome among the DFTB+ users! :-) <br> <br> > I. I am familar with DFT calculation but not yet to many tasks of DFTB <br> > program (DFTB+) (although I am familar with single point calculation of <br> > DFTB+). <br> > <br> > Would you briefly indicate what keywords I should use for "optimization" <br> > and "MD" works respectively? <br> > <br> > Where can I have detailed input examples of "optimization" and "MD" <br> > works for DFTB+? <br> <br> See the DFTB+ recipes for tutorials. Both, geometry optimisation (basic <br> usage) and MD are covered there. <br> <br> <br> > 2. To perform repeated DFTB+ jobs (with small increase of Ly at every <br> > job) using one input script, what commands (like "for" in C language) <br> > should I use in the DFTB+ script? <br> <br> The DFTB+ input does not offer loops. However, by using DFTB+ within the <br> Atomic Simulation Environment (ASE, <a href="https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/)," >https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/),</a> you <br> can easily define such constructs in Python. <br> <br> Best regards, <br> <br> Bálint <br> <br> -- <br> Dr. Bálint Aradi <br> Bremen Center for Computational Materials Science, University of Bremen <br> <a href="http://www.bccms.uni-bremen.de/cms/people/b-aradi/" >http://www.bccms.uni-bremen.de/cms/people/b-aradi/</a> <br> <br> <br> _______________________________________________ DFTB-Plus-User mailing list DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de <a href="https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user" >https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user</a></blockquote></td></tr></table></body></html>

<img id='mailexp' width=0 heigh=0 border=0 src='http://webmail.uos.ac.kr/Mail?act=RECEIPT_CHECK&ukey=5dd146553f930b56af857560&userid=yijhon&mhost=uos.ac.kr&ahost=d0001'></body></html>