<div dir="ltr">Dear Alessandro, <div><br></div><div>Thank you for your help, </div><div>Cheers</div><div>Roozbeh</div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Sep 29, 2019 at 1:07 PM Alessandro Pecchia <<a href="mailto:alessandro.pecchia@cnr.it">alessandro.pecchia@cnr.it</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div lang="IT"><div class="gmail-m_7326761334040642790WordSection1"><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Dear Roozbeh,<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">the internal order of the p orbitals is not |px>, |py>, |pz> but |py> |pz> |px>. <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">This follows more naturally from the  order of angular momentum eigenstates |-1>, |0>, |1>  transformed into Tesseral wavefunctions. I think Ben can comment more on this, probably.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Hence, the SK rotations agree with 1954 paper. <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">For hh(1,1) use ll**2+mm**2+nn**2=1, <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">hh(1,1) = Eyy = mm**2*sk(1) + (1 - mm**2)*sk(2)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">hh(2,2) = Ezz  = nn**2*sk(1) + (1 - nn**2)*sk(2)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">hh(3,3) = Exx  = ll**2*sk(1) + (1 - ll**2)*sk(2)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">hh(2,1) = Eyz = mm*nn* (sk(1)-sk(2))<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">hh(3,1) = Exy = mm*ll* (sk(1)-sk(2))<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">hh(3,2) = Exz = nn*ll* (sk(1)-sk(2))<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Also d-orbitals follow a similar ordering starting from |-2>, |-1>, |0>, |1>, |2>, <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">hence |dxy>, |dyz>, |dz^2-r^2>, |dxz>, |dx^2-y^2>    <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Alessandro<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10pt;font-family:"Segoe UI",sans-serif">Da:</span></b><span style="font-size:10pt;font-family:"Segoe UI",sans-serif"> DFTB-Plus-User [mailto:<a href="mailto:dftb-plus-user-bounces@mailman.zfn.uni-bremen.de" target="_blank">dftb-plus-user-bounces@mailman.zfn.uni-bremen.de</a>] <b>Per conto di </b>Roozbeh Anvari<br><b>Inviato:</b> domenica 29 settembre 2019 02:03<br><b>A:</b> User list for DFTB+ related questions<br><b>Oggetto:</b> Re: [DFTB-Plus-User] Format of the Slater-Koster files<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">   Hi,   <u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">   I was wondering about how DFTB+ rotates H and S,  for example for a p-p interaction : ( reference:: DFTB+%SK.F90%subroutine pp(hh, ll, mm, nn, sk) ) : <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">    "<u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal">    hh(1,1) = (1.0_dp-nn**2-ll**2)*sk(1)+(nn**2+ll**2)*sk(2)<br>    hh(2,1) = nn*mm*sk(1)-nn*mm*sk(2)<br>    hh(3,1) = ll*mm*sk(1)-ll*mm*sk(2)<br>    hh(2,2) = nn**2*sk(1)+(1.0_dp-nn**2)*sk(2)<br>    hh(3,2) = nn*ll*sk(1)-nn*ll*sk(2)<br>    hh(3,3) = ll**2*sk(1)+(1.0_dp-ll**2)*sk(2)<u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal">    "<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">   while, <span style="font-size:10pt;font-family:Arial,sans-serif">(Slater, J. C., & Koster, G. F. (1954) . <i>Physical Review</i>, <i>94</i>(6), 1498.) : </span> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">      Exx = ll**2 *(pp_sigma) - (1-ll**2) *(pp_pi)   <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">      Exy = ll*mm *(pp_sigma) - ll*mm *(pp_pi)<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">      Exz = ll*nn *(pp_sigma) - ll*nn *(pp_pi)<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">here, could you please confirm the relative directions of the directional cosines and also sampled energy integrals in the .SKf files ?  i.e. ( (ll , mm , nn) == (dx, dy , dz ) &  (hh(1,1) , hh(1,2),  hh(1,3) == (Ex,x,Ex,y Ex,z)  ? ) <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">2.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">how accurate would be the calculated band structure without taking into account the potential shift  in H = H0 + shift ?  the E-K I have calculated using just H0/S from .SKF looks very similar to <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">    that given by dftb+ and dft, but band widths are significantly narrower, <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Best regards <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Roozbeh<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><div><p class="MsoNormal">On Thu, Sep 19, 2019 at 2:02 PM Roozbeh Anvari <<a href="mailto:roozbeh.anvari@gmail.com" target="_blank">roozbeh.anvari@gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p></div><blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm"><div><p class="MsoNormal">Dear Balint, <u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">thank you for your help,<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Best regards,<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Roozbeh<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div></div></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><div><p class="MsoNormal">On Thu, Sep 19, 2019 at 5:08 AM Bálint Aradi <<a href="mailto:aradi@uni-bremen.de" target="_blank">aradi@uni-bremen.de</a>> wrote:<u></u><u></u></p></div><blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm"><p class="MsoNormal">Dear Roozbeh,<br><br>> I wonder why the overlap values are so large, are not the RAW values<br>> normalised ? <br><br>The first few lines are only placeholders (historical heritage...).<br>Aftert that, the overlap integrals are less than one. For homonuclear<br>cases, identical orbitals (e.g. H-H  Sss0) give values close to 1 (makes<br>sense), while different orbitals or heteronuclear cases yield values one<br>order of magnitude lower.<br><br>> To check this, I am searching where skHamCont and skOverCont  are read<br>> from  .SKF but have not found it yet, <br><br>The reading of skf and construction of the containers happens in<br>multiple steps at multiple places:<br><br><a href="https://github.com/dftbplus/dftbplus/blob/master/prog/dftb+/lib_type/oldskdata.F90" target="_blank">https://github.com/dftbplus/dftbplus/blob/master/prog/dftb+/lib_type/oldskdata.F90</a><br><br><a href="https://github.com/dftbplus/dftbplus/blob/1a31db05a60ad37ce9013b66dca4388a94b72817/prog/dftb%2B/lib_dftbplus/parser.F90#L2526" target="_blank">https://github.com/dftbplus/dftbplus/blob/1a31db05a60ad37ce9013b66dca4388a94b72817/prog/dftb%2B/lib_dftbplus/parser.F90#L2526</a><br><br><a href="https://github.com/dftbplus/dftbplus/blob/master/prog/dftb+/lib_dftb/slakocont.F90" target="_blank">https://github.com/dftbplus/dftbplus/blob/master/prog/dftb+/lib_dftb/slakocont.F90</a><br><br><br>I hope this helps.<br><br>  Best regards,<br><br>  Bálint<br><br><br>-- <br>Dr. Bálint Aradi<br>Bremen Center for Computational Materials Science, University of Bremen<br><a href="http://www.bccms.uni-bremen.de/cms/people/b-aradi/" target="_blank">http://www.bccms.uni-bremen.de/cms/people/b-aradi/</a><br><br><br>_______________________________________________<br>DFTB-Plus-User mailing list<br><a href="mailto:DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de" target="_blank">DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</a><br><a href="https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user" target="_blank">https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user</a><u></u><u></u></p></blockquote></div></blockquote></div></div></div>_______________________________________________<br>
DFTB-Plus-User mailing list<br>
<a href="mailto:DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de" target="_blank">DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</a><br>
<a href="https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user</a><br>
</blockquote></div>