<html xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=utf-8"><meta name=Generator content="Microsoft Word 15 (filtered medium)"><style><!--
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MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Currently, we output the lattice vectors in the md.out file.</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>> 2) In non-scc-md run, some md steps is  written several times in xyz </span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>> output ( md iter  number is same for some written configurations in</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>> xyz output file) . why? Are these belong to non converged</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>> calculations or something like this?</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>That's interesting, that should not be the case. I just tried a non-scc</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>MD run, but can't reproduce your error. Is it possible, that you send me</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>off-list a reproducable example, where it occurs?</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>  Best regards,</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>  B</span>á<span lang=EN-US>lint</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>-- </span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Dr. B</span>á<span lang=EN-US>lint Aradi</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Bremen Center for Computational Materials Science, University of Bremen</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>http://www.bccms.uni-bremen.de/cms/people/b-aradi/</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>-------------- next part --------------</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>A non-text attachment was scrubbed...</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Name: signature.asc</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Type: application/pgp-signature</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Size: 833 bytes</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Desc: OpenPGP digital signature</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>URL: <http://mailman.zfn.uni-bremen.de/pipermail/dftb-plus-user/attachments/20190903/2beb74be/attachment-0001.sig></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>------------------------------</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Message: 2</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Date: Tue, 3 Sep 2019 14:16:41 +0200</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>From: B</span>á<span lang=EN-US>lint Aradi <aradi@uni-bremen.de></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>To: dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Subject: Re: [DFTB-Plus-User] How to set the pressure at a certain</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>       direction?</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Message-ID: <635ccc3b-92b2-fb64-ab1b-c2a2c1b92ee6@uni-bremen.de></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Content-Type: text/plain; charset="utf-8"</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Dear Yecheng,</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>> However, the pressure in Driver only support one dimension value,</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>> how can I optimized the structure when I try to stretch in one</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>> dimension while keeping the pressure on rest directions at specified</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>> nonzero value, eg., stretching 20% strain in x direction while keep</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>> the pressure on y as 100GPa and z as 200GPa.</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Currently, you can only specify the isotropic pressure in the</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>simulations. Although internally, we work with the full stress tensor,</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>the user interface currently only allows a scalar value.</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>> Ps. How is the pressure of simulation box related to the stress</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>> tensor?</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>The diagonal components of the stress tensor would be set to the</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>external pressure values provided by the user, see</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>https://github.com/dftbplus/dftbplus/blob/ed9ff63f15fa74fe899c8d4e77d73f44299b2b1f/prog/dftb%2B/lib_md/velocityverlet.F90#L208</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>  Best regards,</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>  B</span>á<span lang=EN-US>lint</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>-- </span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Dr. B</span>á<span lang=EN-US>lint Aradi</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Bremen Center for Computational Materials Science, University of Bremen</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>http://www.bccms.uni-bremen.de/cms/people/b-aradi/</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>-------------- next part --------------</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>A non-text attachment was scrubbed...</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Name: signature.asc</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Type: application/pgp-signature</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Size: 833 bytes</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Desc: OpenPGP digital signature</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>URL: <http://mailman.zfn.uni-bremen.de/pipermail/dftb-plus-user/attachments/20190903/ef924942/attachment-0001.sig></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>------------------------------</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Message: 3</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Date: Tue, 3 Sep 2019 19:14:26 +0530</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>From: Amit Gupta <amitg@tifrh.res.in></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>To: dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Subject: [DFTB-Plus-User] Similar files give different results in</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>       DFTB-NGEF   transportOnly calculations</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Message-ID:</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>       <CAMO8CMa41YSUzQ1TdFH2t5=5zdX4rtNY+yfR00OE9J0pi_pMmQ@mail.gmail.com></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Content-Type: text/plain; charset="utf-8"</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>I picked the device_7.gen file from the examples and removed its hydrogens</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>for an experiment I am running. It works fine and I am able to get the</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>transmissions graph.</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>But when I created my own file from vmd, with almost exact same structure,</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>I get almost zero transmission. Its quite perplexing to be honest. What am</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>I doing wrong?</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>I am attaching a tar file with a minimum working example. to run any file,</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>just comment out the 2-3 line in dftb_in.hsd file. Everything else remains</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>the same.</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Thank you</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Attachment content:</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>device_7.gen file: dehydrogenated graphene ribbon from the provided DFTB+</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>example tutorial</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>pristine_2_aligned.gen file: my own graphene ribbon of same dimensions and</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>structure</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>*.xyz: xyz files of above *.gen files</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>C-C.skf: SK file for graphene</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>dftb_in.hsd: dftb input file for running the example</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>-------------- next part --------------</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>An HTML attachment was scrubbed...</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>URL: <http://mailman.zfn.uni-bremen.de/pipermail/dftb-plus-user/attachments/20190903/dd8d4091/attachment.html></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>-------------- next part --------------</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>A non-text attachment was scrubbed...</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Name: working_example.tar.gz</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Type: application/gzip</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Size: 48226 bytes</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Desc: not available</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>URL: <http://mailman.zfn.uni-bremen.de/pipermail/dftb-plus-user/attachments/20190903/dd8d4091/attachment.gz></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>------------------------------</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Subject: Digest Footer</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>_______________________________________________</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>DFTB-Plus-User mailing list</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>------------------------------</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>End of DFTB-Plus-User Digest, Vol 61, Issue 1</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>*********************************************</span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p></div></body></html>