<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <p>Hi Amit,</p>
    <p>it sounds like a problem with atom ordering. The transport part
      needs a structure ordered in a specific way, especially for the
      contact regions. I see there's an explanation in the manual in
      section 4.1.</p>
    <p>Gabriele<br>
    </p>
    <div class="moz-cite-prefix">On 9/3/19 3:44 PM, Amit Gupta wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:CAMO8CMa41YSUzQ1TdFH2t5=5zdX4rtNY+yfR00OE9J0pi_pMmQ@mail.gmail.com">
      <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">
      <div dir="ltr">
        <div>I picked the device_7.gen file from the examples and
          removed its hydrogens for an experiment I am running. It works
          fine and I am able to get the transmissions graph.</div>
        <div>But when I created my own file from vmd, with almost exact
          same structure, I get almost zero transmission. Its quite
          perplexing to be honest. What am I doing wrong?<br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I am attaching a tar file with a minimum working example.
          to run any file, just comment out the 2-3 line in dftb_in.hsd
          file. Everything else remains the same.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Thank you</div>
        <div>Attachment content:</div>
        <div>device_7.gen file: dehydrogenated graphene ribbon from the
          provided DFTB+ example tutorial</div>
        <div>pristine_2_aligned.gen file: my own graphene ribbon of same
          dimensions and structure</div>
        <div>*.xyz: xyz files of above *.gen files</div>
        <div>C-C.skf: SK file for graphene</div>
        <div>dftb_in.hsd: dftb input file for running the example<br>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <pre class="moz-quote-pre" wrap="">_______________________________________________
DFTB-Plus-User mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de">DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user">https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user</a></pre>
    </blockquote>
  </body>
</html>