<div dir="ltr"><div>I picked the device_7.gen file from the examples and removed its hydrogens for an experiment I am running. It works fine and I am able to get the transmissions graph.</div><div>But when I created my own file from vmd, with almost exact same structure, I get almost zero transmission. Its quite perplexing to be honest. What am I doing wrong?<br></div><div><br></div><div>I am attaching a tar file with a minimum working example. to run any file, just comment out the 2-3 line in dftb_in.hsd file. Everything else remains the same.</div><div><br></div><div>Thank you</div><div>Attachment content:</div><div>device_7.gen file: dehydrogenated graphene ribbon from the provided DFTB+ example tutorial</div><div>pristine_2_aligned.gen file: my own graphene ribbon of same dimensions and structure</div><div>*.xyz: xyz files of above *.gen files</div><div>C-C.skf: SK file for graphene</div><div>dftb_in.hsd: dftb input file for running the example<br></div></div>