<html><head><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8"><style>body { line-height: 1.5; }blockquote { margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0.5em; }body { font-size: 10.5pt; font-family: 'Microsoft YaHei UI'; color: rgb(0, 0, 0); line-height: 1.5; }</style></head><body>
<div>         Hi, everyone</div><div>         I want to run DFTB+  with dftd3, first i run the script 'utils/get_opt_externals', than in the '~/external/dftd3' subdir the 'status' changes to ok and get a subdir 'origin';</div><div>later set '~/make.config' with 'WITH_dftd3 :=1' and 'COMPILE_DFTB3 :=1', then make and make install. When i test the  '~/test/prog/dftb+/scc/H2O-extchrg-periodic', the result is ok, </div><div>but when going to dispersion '~/test/prog/dftb+/dispersion/2H2O_dftd3_zero', <span style="font-size: 10.5pt; line-height: 1.5; background-color: transparent;">an error happens which presents '</span><span style="background-color: transparent;">ERROR! </span><span style="font-size: 10.5pt; line-height: 1.5; background-color: transparent;">-> Program had been compiled without DFTD3 support</span><span style="font-size: 10.5pt; line-height: 1.5; background-color: transparent;">'.</span></div><div>So, what's the problem?</div><div>        <span></span><br></div><div><br></div><div>Best wishes!</div>
<div>2019-08-15       15:21:43</div>
<hr style="width: 210px; height: 1px;" align="left" color="#b5c4df" size="1">
<div><span><font style="font-size: 16px;" face="Times New Roman"><b>xuy</b></font><div><font style="font-size: 16px;" face="Times New Roman"><b>15035199172</b></font></div><div><span style="font-size: 16px;"><font face="Times New Roman"><b><a href="mailto:xyuan@stu.xmu.edu.cn" style="line-height: 1.5; background-color: transparent;">xyuan@stu.xmu.edu.cn</a><span style="line-height: 1.5; background-color: rgba(0, 0, 0, 0);"> </span></b></font></span></div><div><span style="line-height: 1.5; font-size: 16px; background-color: rgba(0, 0, 0, 0);"><font face="Times New Roman"><b>Department of Chemistry, Xiamen University, China</b></font></span></div><span style="font-family: Courier; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgba(0, 0, 0, 0);"></span></span></div>
<blockquote style="margin-Top: 0px; margin-Bottom: 0px; margin-Left: 0.5em"><div> </div><div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm"><div style="PADDING-RIGHT: 8px; PADDING-LEFT: 8px; FONT-SIZE: 12px;FONT-FAMILY:tahoma;COLOR:#000000; BACKGROUND: #efefef; PADDING-BOTTOM: 8px; PADDING-TOP: 8px"><div><b>From:</b> <a href="mailto:dftb-plus-user-request@mailman.zfn.uni-bremen.de">dftb-plus-user-request</a></div><div><b>Date:</b> 2019-08-13 16:52</div><div><b>To:</b> <a href="mailto:dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de">dftb-plus-user</a></div><div><b>Subject:</b> DFTB-Plus-User Digest, Vol 60, Issue 3</div></div></div><div><div>Send DFTB-Plus-User mailing list submissions to</div>
<div>     dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de</div>
<div> </div>
<div>To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit</div>
<div>     https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user</div>
<div> </div>
<div>or, via email, send a message with subject or body 'help' to</div>
<div>     dftb-plus-user-request@mailman.zfn.uni-bremen..de</div>
<div> </div>
<div>You can reach the person managing the list at</div>
<div>     dftb-plus-user-owner@mailman.zfn.uni-bremen.de</div>
<div> </div>
<div>When replying, please edit your Subject line so it is more specific</div>
<div>than "Re: Contents of DFTB-Plus-User digest..."</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>Today's Topics:</div>
<div> </div>
<div>   1. Re: DFTB+ installation (Bernard Ramos)</div>
<div>   2. Re: DFTB+ installation (Bálint Aradi)</div>
<div>   3. Re: DFTB+ installation (Ben Hourahine)</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>----------------------------------------------------------------------</div>
<div> </div>
<div>Message: 1</div>
<div>Date: Mon, 12 Aug 2019 20:00:18 +0000 (UTC)</div>
<div>From: Bernard Ramos <ramosbernard81@yahoo.com></div>
<div>To: Bernard Ramos via DFTB-Plus-User</div>
<div>     <dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de></div>
<div>Subject: Re: [DFTB-Plus-User] DFTB+ installation</div>
<div>Message-ID: <1598781253.4403072.1565640018439@mail.yahoo.com></div>
<div>Content-Type: text/plain; charset="utf-8"</div>
<div> </div>
<div> I have a related question though. How do I configure DFTB+ to use OpenBlas?</div>
<div> </div>
<div>    On Tuesday, August 13, 2019, 3:50:56 AM GMT+8, Bernard Ramos via DFTB-Plus-User <dftb-plus-user@mailman.zfn..uni-bremen.de> wrote:  </div>
<div> </div>
<div>  Thanks.. </div>
<div> </div>
<div>    On Monday, August 12, 2019, 6:56:26 PM GMT+8, Bálint Aradi <aradi@uni-bremen.de> wrote:  </div>
<div> </div>
<div> Dear Bernard,</div>
<div> </div>
<div>where did you install the DFTB+ code. Did you specify any installation</div>
<div>PATH in make.config? If not, the code has been installed into the</div>
<div>_install/bin folder within the source tree. In order to access it,</div>
<div>specify the full path. Assuming, your DFTB+ source is in ~/dftbplus,</div>
<div>run ~/dftbplus/_install/bin/dftb+.</div>
<div> </div>
<div>Alternatively, copy the dftb+ binary from the _install/bin folder into</div>
<div>one, which is searched for executables (e.g. ~/bin). Then, you should be</div>
<div>able to run it without having to specify the full path.</div>
<div> </div>
<div>  Best regards,</div>
<div> </div>
<div>  Bálint</div>
<div> </div>
<div>-- </div>
<div>Dr. Bálint Aradi</div>
<div>Bremen Center for Computational Materials Science, University of Bremen</div>
<div>http://www.bccms.uni-bremen.de/cms/people/b-aradi/</div>
<div> </div>
<div>_______________________________________________</div>
<div>DFTB-Plus-User mailing list</div>
<div>DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</div>
<div>https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user  _______________________________________________</div>
<div>DFTB-Plus-User mailing list</div>
<div>DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</div>
<div>https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user  </div>
<div>-------------- next part --------------</div>
<div>An HTML attachment was scrubbed...</div>
<div>URL: <http://mailman.zfn.uni-bremen.de/pipermail/dftb-plus-user/attachments/20190812/6086a0a1/attachment-0001.html></div>
<div> </div>
<div>------------------------------</div>
<div> </div>
<div>Message: 2</div>
<div>Date: Tue, 13 Aug 2019 09:33:59 +0200</div>
<div>From: Bálint Aradi <aradi@uni-bremen.de></div>
<div>To: dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de</div>
<div>Subject: Re: [DFTB-Plus-User] DFTB+ installation</div>
<div>Message-ID: <91d1e422-60a9-4ea1-7c07-c2d9212739d8@uni-bremen.de></div>
<div>Content-Type: text/plain; charset="utf-8"</div>
<div> </div>
<div>On 12.08.19 22:00, Bernard Ramos via DFTB-Plus-User wrote:</div>
<div>> I have a related question though. How do I configure DFTB+ to use OpenBlas?</div>
<div> </div>
<div>By specifying -lopenblas for the LIB_LAPACK variable.</div>
<div> </div>
<div>Anyway, I'd recommend you to use the binary from the web-site whenever</div>
<div>possible. That is linked against an even faster LAPACK/BLAS</div>
<div>implementation, so you you should get better performance than with OpenBlas.</div>
<div> </div>
<div>Best regards,</div>
<div> </div>
<div>Bálint</div>
<div> </div>
<div>-- </div>
<div>Dr. Bálint Aradi</div>
<div>Bremen Center for Computational Materials Science, University of Bremen</div>
<div>http://www.bccms.uni-bremen.de/cms/people/b-aradi/</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>-------------- next part --------------</div>
<div>A non-text attachment was scrubbed....</div>
<div>Name: signature.asc</div>
<div>Type: application/pgp-signature</div>
<div>Size: 833 bytes</div>
<div>Desc: OpenPGP digital signature</div>
<div>URL: <http://mailman.zfn.uni-bremen.de/pipermail/dftb-plus-user/attachments/20190813/e239492d/attachment-0001.sig></div>
<div> </div>
<div>------------------------------</div>
<div> </div>
<div>Message: 3</div>
<div>Date: Tue, 13 Aug 2019 09:52:39 +0100</div>
<div>From: Ben Hourahine <benjamin.hourahine@strath.ac.uk></div>
<div>To: dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de</div>
<div>Subject: Re: [DFTB-Plus-User] DFTB+ installation</div>
<div>Message-ID: <f6dfc57b-44e9-4f8b-799a-11a5e4ee9250@strath.ac.uk></div>
<div>Content-Type: text/plain; charset="utf-8"</div>
<div> </div>
<div>Hello Bernard,</div>
<div> </div>
<div>Just to clarify, Bálint means MKL (which for intel cpus will be faster),</div>
<div>which is freely available at the moment. The -lopenblas choice will work</div>
<div>if openblas is installed in a standard location path (use -L to specify</div>
<div>if not and if you are dynamically linking the binary also in</div>
<div>LD_LIBRARY_PATH).//</div>
<div> </div>
<div>One thing to watch out with openBLAS is that it (for reasons that are</div>
<div>unclear) can request x2 the number of threads that are specified in some</div>
<div>circumstances.</div>
<div> </div>
<div>Regards</div>
<div> </div>
<div>Ben</div>
<div> </div>
<div>On 13/08/2019 08:33, Bálint Aradi wrote:</div>
<div>> On 12.08.19 22:00, Bernard Ramos via DFTB-Plus-User wrote:</div>
<div>>> I have a related question though. How do I configure DFTB+ to use OpenBlas?</div>
<div>> By specifying -lopenblas for the LIB_LAPACK variable.</div>
<div>></div>
<div>> Anyway, I'd recommend you to use the binary from the web-site whenever</div>
<div>> possible. That is linked against an even faster LAPACK/BLAS</div>
<div>> implementation, so you you should get better performance than with OpenBlas.</div>
<div>></div>
<div>> Best regards,</div>
<div>></div>
<div>> Bálint</div>
<div>></div>
<div>></div>
<div>> _______________________________________________</div>
<div>> DFTB-Plus-User mailing list</div>
<div>> DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</div>
<div>> https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user</div>
<div> </div>
<div>-- </div>
<div>        Dr.  B.  Hourahine,  Senior  lecturer</div>
<div>            SUPA, Department  of  Physics,</div>
<div>             University  of  Strathclyde,</div>
<div>              John  Anderson  Building,</div>
<div>          107 Rottenrow, Glasgow G4 0NG, UK.                  </div>
<div>  +44 141 548 2325, benjamin.hourahine@strath.ac.uk</div>
<div> </div>
<div>The  Department is  a partner  in SUPA,  the Scottish</div>
<div>            Universities Physics Alliance</div>
<div>            </div>
<div>The University  of Strathclyde  is a  charitable body,</div>
<div>       registered in Scotland, number SC015263</div>
<div> </div>
<div>-------------- next part --------------</div>
<div>An HTML attachment was scrubbed...</div>
<div>URL: <http://mailman.zfn.uni-bremen.de/pipermail/dftb-plus-user/attachments/20190813/efd0dee8/attachment.html></div>
<div>-------------- next part --------------</div>
<div>A non-text attachment was scrubbed...</div>
<div>Name: pEpkey.asc</div>
<div>Type: application/pgp-keys</div>
<div>Size: 2472 bytes</div>
<div>Desc: not available</div>
<div>URL: <http://mailman.zfn.uni-bremen.de/pipermail/dftb-plus-user/attachments/20190813/efd0dee8/attachment.key></div>
<div> </div>
<div>------------------------------</div>
<div> </div>
<div>Subject: Digest Footer</div>
<div> </div>
<div>_______________________________________________</div>
<div>DFTB-Plus-User mailing list</div>
<div>DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</div>
<div>https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user</div>
<div> </div>
<div>------------------------------</div>
<div> </div>
<div>End of DFTB-Plus-User Digest, Vol 60, Issue 3</div>
<div>*********************************************</div>
</div></blockquote></body></html>