<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
      charset=windows-1252">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <p>Hello Junmian,</p>
    <p>9 processes for such a small structure is probably spin-locking,
      as it will try and spread the diagonalisation across the 9
      processors and work through the k-points 1 at a time. Hence any
      network lag or congestion will hit the performance of this very
      strongly.<br>
    </p>
    <p>What happens if you add this extra block to the input:<br>
    </p>
    <p>Parallel {<br>
        Groups = 8<br>
      }<br>
      <br>
    </p>
    <p>and run with <br>
    </p>
    <p>mpirun -np 8 dftb+</p>
    <p>?</p>
    <p>This setting will run batches of 8 k-points at a time (you have
      64 in total).</p>
    <p>Regards</p>
    <p>Ben<br>
    </p>
    <div class="moz-cite-prefix">On 05/07/2019 22:44, Zhu, Junmian
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:BYAPR05MB6454BE880A081F383731B17FABF50@BYAPR05MB6454.namprd05.prod.outlook.com">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered
        medium)">
      <style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:DengXian;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:"\@DengXian";
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:#954F72;
        text-decoration:underline;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style>
      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal">Dear DFTB+ Community, </p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">I have experienced problems with
          MPI-enabled DFTB+ geometric optimization calculation (version:
          19.1 stable release), and am able to reproduce the problem.
          When running the command “mpirun -np 9 dftb+” with the given
          input file, DFTB+ always stops at geometric step 59. Even
          though the DFTB+ process is still running at the backend as
          shown by “top” command, it stops streaming any output and got
          stuck there for more than 12 hours.  </p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">The behavior of DFTB+ is quite strange,
          because DFTB+ is able to continue to run and finish the
          calculation if the process is killed and restarted again,
          using the previous output geometry and charges. Multiple tests
          on the same computer give exactly the same output and get
          stuck exactly at step 59. (Changing number of processors only
          changes the step it got stuck, and OpenMP is
          disabled.)Therefore, I suspect this is an issue with the DFTB+
          software and would like to request help on solving this
          problem. </p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Thank you very much, </p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Junmian Zhu</p>
        <p class="MsoNormal">University of California, Berkeley</p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <pre class="moz-quote-pre" wrap="">_______________________________________________
DFTB-Plus-User mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de">DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user">https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user</a></pre>
    </blockquote>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
        Dr.  B.  Hourahine,  Senior  lecturer
            SUPA, Department  of  Physics,
             University  of  Strathclyde,
              John  Anderson  Building,
          107 Rottenrow, Glasgow G4 0NG, UK.                    
  +44 141 548 2325, <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:benjamin.hourahine@strath.ac.uk">benjamin.hourahine@strath.ac.uk</a>

The  Department is  a partner  in SUPA,  the Scottish
            Universities Physics Alliance

The University  of Strathclyde  is a  charitable body,
       registered in Scotland, number SC015263</pre>
  </body>
</html>