<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <p>Dear Yuefei,</p>
    <div class="moz-cite-prefix">On 06/11/17 00:20, yh46 wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:20171105182015.Horde.EiJGDfTpcHjajp9fvqbxdw1@webmail.mail.rice.edu">Hello
      Dear friends, <br>
      I was compiling DFTB+ on a server, the version is r4729 or r4732.
      The source codes are in a file named 'dftb+mpi-negf.r4732', but
      when I compile the code and run the binary dftb+, it tells me it
      is ' Unofficial release (r4729)'. So I am not sure about the
      version. <br>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
    The number comes from the version software control software used for
    that branch of the code. The revisions r4729 and r4732 are
    essentially the same (there are minor cosmetic changes in some
    printed message).<br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:20171105182015.Horde.EiJGDfTpcHjajp9fvqbxdw1@webmail.mail.rice.edu">First
      question is about compiling, I saw 3 README files in the
      directory: README, README.PARALLEL and README.NEGF, respectively.
      When I followed the README.NEGF to compile the code, there were
      some SEGMENTATION FAULT while running, happening both when I use
      single core or multiple cores. So I compiled the code again
      without the instructions in README.NEGF or README.PARALLEL, used
      /sysmakes/make.x86_64-linux-ifort as template and changed some
      links to library according to my system. Then I successfully
      compiled and it can run some transport calculation from the
      autotest directories. It can also run on multiple cores. In the
      output, I saw ' INIT MPI-NEGF ON           4 NODES', so I think it
      is doing the job parallel.<br>
      <br>
      So does that mean the compiled dftb+ binary has both MPI and NEGF
      extension? It is quite confusing because I didn't follow
      README.NEGF. So is it decided by the source code, and no matter
      what setting you use in the makefile, you will get both MPI and
      NEGF? <br>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
    The NEGF code is constructed on top of a version of the MPI code.
    Both codes are MPI parallel, but the main difference for compilation
    is that the NEGF code can also use OpenMP parallelism for some
    operations (this is the reason for the extra -openmp flags).<br>
    <br>
    If you have compiled dftb+mpi-negf.r4732 successfully using an MPI
    aware Fortran compiler, this should contain the NGEF routines
    (mpif90 is a wrapper for the usual compiler but adds in options
    specific for MPI).<br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:20171105182015.Horde.EiJGDfTpcHjajp9fvqbxdw1@webmail.mail.rice.edu">Second
      question is that when I use this to run the 'Tutorial: Electronic
      Structure and Electron Transport in 2D Carbon Materials'</blockquote>
    [cut]<br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:20171105182015.Horde.EiJGDfTpcHjajp9fvqbxdw1@webmail.mail.rice.edu">So
      why would the output files be missing or not correctly written?
      Thank you very much! <br>
    </blockquote>
    <br>
    It seem that you probably have an earlier version of the source code
    than some of the features used in the tutorial. I'm less familiar
    with this part of the code, so off hand don't know at which version
    number these features were added here.<br>
    <br>
    Regards<br>
    <br>
    Ben<br>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
      Dr. B. Hourahine, SUPA, Department of Physics,
    University of Strathclyde, John Anderson Building,
            107 Rottenrow, Glasgow G4 0NG, UK.
    +44 141 548 2325, <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:benjamin.hourahine@strath.ac.uk">benjamin.hourahine@strath.ac.uk</a>

2013/14 THE Awards Entrepreneurial University of the Year
      2012/13 THE Awards UK University of the Year

   The University of Strathclyde is a charitable body,
        registered in Scotland, number SC015263</pre>
  </body>
</html>