<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Dear Dr. Ben,<br>
    <br>
    Thank you very much for your advice.<br>
    <br>
    With the option you advised the computational time has greatly
    decreased, from 47 sec. with 1 node to 13 sec. with 4 nodes, per MD
    step!!<br>
    <br>
    Thank you very much again.<br>
    <br>
    Best regards,<br>
    Tatsu<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 2017/05/12 0:41, Ben Hourahine
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:b6ee6adc-d999-d707-aa4d-af210251e41c@strath.ac.uk"
      type="cite">
      <meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
      <p>Hello Tatsu,</p>
      <p>to add to Bálint's comment, you might be able to improve the
        scalability by using parallelization over the k-points in your
        calculation. Either running on the 8 cores with two separate
        groups of points:<br>
      </p>
      <p>Parallel = {<br>
          Groups = 2<br>
        }<br>
      </p>
      Or running only on 7 of the total number of cores by using Groups
      = 7, might improve the scalability.<br>
      <br>
      Regards<br>
      <br>
      Ben<br>
      <br>
      <br>
      <div class="moz-cite-prefix">On 11/05/17 15:23, Bálint Aradi
        wrote:<br>
      </div>
      <blockquote
        cite="mid:1ece2fb6-ef0f-56f2-1eec-50325d83e5f7@uni-bremen.de"
        type="cite">
        <pre wrap="">Dear Tatsu,

</pre>
        <blockquote type="cite">
          <pre wrap="">When I perform a MD calculation on 4 cores in one node, computational
time effectively decreases compared to a single-core calculation.
However, when the same MD calculation is done on 8 cores of two nodes,
its computational time become 2-3 times longer than the case of 4 cores
in one node.

I think that the calculated simulation box contains relatively a large
number of atoms (496 Si atoms) and the number of nodes is just two, and
thus communication overhead is not a cause. Would you give me advice
about possible causes of this problem?

</pre>
        </blockquote>
        <pre wrap="">It depends pretty much on the interconnect between your nodes. I could
get 1000 atoms scaling up to 4 nodes, when using nodes with 8 cores each
and connected by infiniband. Your system is rather small (you have
roughly half of the orbitals I used), but I still would accept scaling
to 2 nodes, provided you have a low latency interconnect.

  Best regards,

  Bálint

</pre>
        <br>
        <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
        <br>
        <pre wrap="">_______________________________________________
DFTB-Plus-User mailing list
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de">DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</a>
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext" href="https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user">https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user</a></pre>
      </blockquote>
      <br>
      <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
      Dr. B. Hourahine, SUPA, Department of Physics,
    University of Strathclyde, John Anderson Building,
            107 Rottenrow, Glasgow G4 0NG, UK.
    +44 141 548 2325, <a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:benjamin.hourahine@strath.ac.uk">benjamin.hourahine@strath.ac.uk</a>

2013/4 THE Awards Entrepreneurial University of the Year
      2012/13 THE Awards UK University of the Year

   The University of Strathclyde is a charitable body,
        registered in Scotland, number SC015263</pre>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
DFTB-Plus-User mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de">DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user">https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
----------------------------------
横井 達矢
名古屋大学 大学院工学研究科 物質科学専攻

〒464-8603 名古屋市千種区不老町
名古屋大学工学部5号館633室
Tel/Fax: 052-789-3365
e-mail: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:yokoi@mp.pse.nagoya-u.ac.jp">yokoi@mp.pse.nagoya-u.ac.jp</a>
----------------------------------
</pre>
  </body>
</html>