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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Thanks so much for your help.  The way we put the geometry file together is in a cluster.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a name="_MailEndCompose"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></a></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:windowtext">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:windowtext"> DFTB-Plus-User [mailto:dftb-plus-user-bounces@mailman.zfn.uni-bremen.de]
<b>On Behalf Of </b>Ben Hourahine<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, April 11, 2017 7:52 AM<br>
<b>To:</b> dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de<br>
<b>Subject:</b> Re: [DFTB-Plus-User] Barostat usage<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p>Hello Tim,<o:p></o:p></p>
<p>is the geometry a supercell or cluster? The barostat is only available in the first of these two cases.<o:p></o:p></p>
<p>Regards<o:p></o:p></p>
<p>Ben<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On 10/04/17 17:14, Fuhrer, Timothy wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">Dear all,</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri",sans-serif"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">I am trying to do some  calculations using the  hsd file below, and I have been getting an error from line 14 - 17 stating that there is an error with the Barostat
 command.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">I am writing to ask if someone can check to see where I am going wrong. </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri",sans-serif"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">Thank you for your help.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri",sans-serif"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri",sans-serif"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">Geometry = GenFormat {</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">    <<< "Random377.gen"</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">}</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">Driver = VelocityVerlet {</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">    Steps = 50000</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">    TimeStep [fs] = 1</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">    KeepStationary = No</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">    MDRestartFrequency = 10</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">    Thermostat = NoseHoover{</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">        Temperature[Kelvin] = 1200</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">        CouplingStrength [cm^-1] = 500</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;background:yellow">    }</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;background:yellow">Barostat = {</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;background:yellow">Pressure [Pa] = 2.0E5</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;background:yellow">Timescale [ps] = 0.2 </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;background:yellow">}</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">    OutputPrefix = "Random377.out"</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">}</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">Hamiltonian = DFTB {</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">    SCC = Yes</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">    SlaterKosterFiles = {</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">        C-C = "/home/tfuhrer/Downloads/dftbplus-1.3.0/dftb_in/Hamiltonian/DFTB/SlaterKosterFiles/C-C.skf"</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">    }</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">    MaxAngularMomentum = {</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">        C = "p"</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">    }</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">    Filling = Fermi {</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">        Temperature [Kelvin] = 100.0</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">    }</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">}</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">ParserOptions = {</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">    ParserVersion = 3</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121">}</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center"><span style="font-size:11.5pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#212121"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri",sans-serif"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri",sans-serif"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri",sans-serif">Regards, </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri",sans-serif"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Tim Fuhrer</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Radford University</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Department of Chemistry</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<pre>_______________________________________________<o:p></o:p></pre>
<pre>DFTB-Plus-User mailing list<o:p></o:p></pre>
<pre><a href="mailto:DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de">DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</a><o:p></o:p></pre>
<pre><a href="https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user">https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user</a><o:p></o:p></pre>
</blockquote>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<pre>-- <o:p></o:p></pre>
<pre>      Dr. B. Hourahine, SUPA, Department of Physics,<o:p></o:p></pre>
<pre>    University of Strathclyde, John Anderson Building,<o:p></o:p></pre>
<pre>            107 Rottenrow, Glasgow G4 0NG, UK.<o:p></o:p></pre>
<pre>    +44 141 548 2325, <a href="mailto:benjamin.hourahine@strath.ac.uk">benjamin.hourahine@strath.ac.uk</a><o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>2013/4 THE Awards Entrepreneurial University of the Year<o:p></o:p></pre>
<pre>      2012/13 THE Awards UK University of the Year<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>   The University of Strathclyde is a charitable body,<o:p></o:p></pre>
<pre>        registered in Scotland, number SC015263<o:p></o:p></pre>
</div>
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