<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Dear DFTB+ users,<div class=""><br class=""></div><div class="">I’m confused which N-H skf file should I use, the mio-1-1 set or the miomod:nh set? My system is an enzyme and I’m using DFTB as the quantum method to do QM/MM MD studies in AMBER. Under the miomod:nh page, I found that it is modified to reproduce the sp3 nitrogen and proton affinity better, but the spa nitrogen are descibed correctly by the original mio-1-1 set. Now my system has both sp2 and sp3 nitrogen, should I use the original mio-1-1 set or the modified miomod:nh set? I appreciate any help! </div><div class=""><br class=""></div><div class="">Following is the quote from the page under miomod:nh set:</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, Helvetica, sans-serif; font-size: 13px; orphans: 2; text-align: justify; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">In previous studies [JACS04,TCA06] consistent errors of about 10 kcal/mol were found specifically for proton affinities of sp3 hybridized nitrogen atoms. Therefore, a modified parameter set “NHmod” was introduced in which the N-H repulsive potential was shifted to correct for these errors. However, since sp2</span><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, Helvetica, sans-serif; font-size: 13px; orphans: 2; text-align: justify; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, Helvetica, sans-serif; font-size: 13px; orphans: 2; text-align: justify; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">hybridized nitrogen atoms seem to be described correctly, this correction has only to be applied for a certain electronic configuration of N. Therefore, similar to the situation in force fields, different “atom types” for N have to be introduced at the moment, which clearly limits DFTB’s applicability since these</span><br style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, Helvetica, sans-serif; font-size: 13px; orphans: 2; text-align: justify; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, Helvetica, sans-serif; font-size: 13px; orphans: 2; text-align: justify; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">atom types are not allowed to change during a reaction. For benchmarks see [JPCA07,JCTC11]. Geometrical properties are very similar to the original mio N-H parameter set.</span></div><div class=""><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, Helvetica, sans-serif; font-size: 13px; orphans: 2; text-align: justify; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><br class=""></span></div><div class=""><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, Helvetica, sans-serif; font-size: 13px; orphans: 2; text-align: justify; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">Thanks,</span></div><div class=""><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, Helvetica, sans-serif; font-size: 13px; orphans: 2; text-align: justify; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">Lin</span></div><div class=""><span style="font-family: Arial, Verdana, Geneva, Helvetica, sans-serif; font-size: 13px; orphans: 2; text-align: justify; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><br class=""></span></div></body></html>