<div dir="ltr"><div><div><div>Dear Bálint,<br></div><div>Thanks for your reply.<br></div>I have seen a publication, which having all HubbardDerivs and dampXH (J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 338−354. Table 1 and 3) with mio parametrization. I am using them with mio-0-1 set. Could you please let me know whether I am doing correct or not? <br><br></div>Thank you and with regards<br></div>Nagaprasad<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Dec 24, 2016 at 1:00 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:dftb-plus-user-request@mailman.zfn.uni-bremen.de" target="_blank">dftb-plus-user-request@mailman.zfn.uni-bremen.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Send DFTB-Plus-User mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de">dftb-plus-user@mailman.zfn.<wbr>uni-bremen.de</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.zfn.uni-<wbr>bremen.de/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/dftb-plus-user</a><br>
<br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:dftb-plus-user-request@mailman.zfn.uni-bremen.de">dftb-plus-user-request@<wbr>mailman.zfn.uni-bremen.de</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:dftb-plus-user-owner@mailman.zfn.uni-bremen.de">dftb-plus-user-owner@mailman.<wbr>zfn.uni-bremen.de</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of DFTB-Plus-User digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. Re: Bug in src/Makefile.common; Feature Request: Pass<br>
      Arbitrary Input File (Bálint Aradi)<br>
   2. Re: Hubbard Derivs (Bálint Aradi)<br>
<br>
<br>
------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>----------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Fri, 23 Dec 2016 12:28:45 +0100<br>
From: Bálint Aradi <<a href="mailto:aradi@uni-bremen.de">aradi@uni-bremen.de</a>><br>
To: User list for DFTB+ related questions<br>
        <<a href="mailto:dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de">dftb-plus-user@mailman.zfn.<wbr>uni-bremen.de</a>><br>
Subject: Re: [DFTB-Plus-User] Bug in src/Makefile.common; Feature<br>
        Request: Pass Arbitrary Input File<br>
Message-ID: <<a href="mailto:e8249054-1a3f-a17a-5207-bc29e451e30b@uni-bremen.de">e8249054-1a3f-a17a-5207-<wbr>bc29e451e30b@uni-bremen.de</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Dear Eisuke,<br>
<br>
Thanks for the suggestions.<br>
<br>
> This just copies binary to the $(INSTALLDIR), which causes error when<br>
> the directory does not exist.<br>
> make install should create $(INSTALLDIR) before the copy, like<br>
>         install -d -m 755 $(INSTALLDIR)<br>
<br>
You are right, that would be more comfortable, indeed. However,<br>
'install' is not necessarily a tool, which is available on all Unix<br>
(non-Linux) workstations. So probably we would have to come up probably<br>
with some combinations of 'mkdir' and 'cp' instead.<br>
<br>
> 2. Feature Request: Pass Arbitrary Input File<br>
> Currently dftb+ seems to accept no arguments and executes only<br>
> dftb_in.hsd or dftb_in.xml on the current working directory;<br>
> dftb+ raises error if the directory has both of hsd and xml.<br>
> It is convenient if dftb+ accepts an input on other directory or one<br>
> with different name,<br>
> like dftb+ /path/to/dftb_in2.hsd.<br>
> I appreciate if you implement it.<br>
<br>
This is something I was also considering. However, I had two objections<br>
so far:<br>
<br>
* Handling command line arguments was not standardized in Fortran 95, so<br>
one would have to come up with a compiler dependent solution. This issue<br>
is fortunately solved by now, as Fortran 2003 defines the<br>
get_command_argument() function.<br>
<br>
* Is that really helpful for the reproducibility of your scientific<br>
results, if you can specify an arbitrary input file? As the output files<br>
are not prefixed by DFTB+, how do you know, when looking up your results<br>
a few months/years later, which input file was used to create the output<br>
files. As long as the input file name is fixed and must be in the<br>
current folder, you will have to use separate folders for each<br>
calcultion, so things are more or less clear. With the possibility of<br>
specifying an arbitrary input file, things get little bit harder to<br>
follow, don't they?<br>
<br>
But, I am not too dogmatic on this, so if there is a wide interest on<br>
that feature, we can easily implement it.<br>
<br>
  Best regards,<br>
<br>
  Bálint<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Dr. Bálint Aradi<br>
Bremen Center for Computational Materials Science, University of Bremen<br>
<a href="http://www.bccms.uni-bremen.de/cms/people/b_aradi/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.bccms.uni-bremen.<wbr>de/cms/people/b_aradi/</a><br>
<br>
<br>
-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: signature.asc<br>
Type: application/pgp-signature<br>
Size: 836 bytes<br>
Desc: OpenPGP digital signature<br>
URL: <<a href="http://mailman.zfn.uni-bremen.de/pipermail/dftb-plus-user/attachments/20161223/18055593/attachment-0001.sig" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.zfn.uni-<wbr>bremen.de/pipermail/dftb-plus-<wbr>user/attachments/20161223/<wbr>18055593/attachment-0001.sig</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Fri, 23 Dec 2016 12:34:41 +0100<br>
From: Bálint Aradi <<a href="mailto:aradi@uni-bremen.de">aradi@uni-bremen.de</a>><br>
To: User list for DFTB+ related questions<br>
        <<a href="mailto:dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de">dftb-plus-user@mailman.zfn.<wbr>uni-bremen.de</a>><br>
Subject: Re: [DFTB-Plus-User] Hubbard Derivs<br>
Message-ID: <<a href="mailto:1ea98645-fcd8-cab2-2a28-22fee75bc724@uni-bremen.de">1ea98645-fcd8-cab2-2a28-<wbr>22fee75bc724@uni-bremen.de</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Dear Nagaprasad,<br>
<br>
> <<a href="http://www.dftb.org/fileadmin/DFTB/public/misc/slakoformat.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.dftb.org/<wbr>fileadmin/DFTB/public/misc/<wbr>slakoformat.pdf</a>>).<br>
> From that, the Hubbard values are in the skf file, line 2, 5th, 6th,<br>
> 7th value for d, p and s angular momentum. Let us take an example<br>
> from autotest, scc/C2H6_3rdfull. The HubbardDerivs are taken as H =<br>
> -0.16 and C = -0.16, and they are using  mio-0-1 parametrization for<br>
> that calculation. When we see the values in scc/C2H6_3rdfull-damp,<br>
> the HubbardDerivs are different even using the same mio-0-1<br>
> parametrization . My questions are 1) I didn't find those<br>
> HubbardDerivs (H = -0.16  and C = -0.16 and with dampXH  C = -0.1492<br>
> and H = -0.1857) in the skf files, how can we choose them? 2) Why the<br>
> HubbardDerivs are different with dampXH? 3) How we choose<br>
> DampXHExponent?<br>
<br>
First of all, please never take any tests from the autotest suite as<br>
template for your calculations. The autotest suite is there to test all<br>
various features, sometimes even with completely arbitrary unphyiscal<br>
and inconsisten input values. It is only meant for developers and<br>
sysadmins, so that they can check that they DFTB+ build works as expected.<br>
<br>
As for the HubbardU derivatives. Currently, the 3ob set is the only one,<br>
which was created with DFTB3 (third order DFTB + damping of the X-H<br>
interactions). So, you should only use those features with that set<br>
only. The Hubbard U values and the damping exponents for that set are<br>
given in the accompanying README file. For all other sets, use<br>
conventional SCC (2nd order) DFTB without any X-H damping.<br>
<br>
  Best regards,<br>
<br>
  Bálint<br>
<br>
--<br>
Dr. Bálint Aradi<br>
Bremen Center for Computational Materials Science, University of Bremen<br>
<a href="http://www.bccms.uni-bremen.de/cms/people/b_aradi/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.bccms.uni-bremen.<wbr>de/cms/people/b_aradi/</a><br>
<br>
<br>
-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: signature.asc<br>
Type: application/pgp-signature<br>
Size: 836 bytes<br>
Desc: OpenPGP digital signature<br>
URL: <<a href="http://mailman.zfn.uni-bremen.de/pipermail/dftb-plus-user/attachments/20161223/19b03d06/attachment-0001.sig" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.zfn.uni-<wbr>bremen.de/pipermail/dftb-plus-<wbr>user/attachments/20161223/<wbr>19b03d06/attachment-0001.sig</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Subject: Digest Footer<br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
DFTB-Plus-User mailing list<br>
<a href="mailto:DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de">DFTB-Plus-User@mailman.zfn.<wbr>uni-bremen.de</a><br>
<a href="https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.zfn.uni-<wbr>bremen.de/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/dftb-plus-user</a><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
End of DFTB-Plus-User Digest, Vol 28, Issue 15<br>
******************************<wbr>****************<br>
</blockquote></div><br></div>