<div dir="ltr"><div><div><div>Hello Ben,<br><br></div>I really appreciate your kind helping. <br><br></div>With all my best regards,<br></div>Raha<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Aug 3, 2016 at 3:19 AM, Ben Hourahine <span dir="ltr"><<a href="mailto:benjamin.hourahine@strath.ac.uk" target="_blank">benjamin.hourahine@strath.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello Raha,<br>
<br>
For a spin free system, the HOMO level is the number of valence<br>
electrons divided by 2. detailed.out list the 'Nr. of electrons (up):'<br>
but in band.out you can see the fillings for the states.<br>
<br>
Regards<br>
<br>
Ben<br>
<span class=""><br>
On 02/08/16 19:17, Raha khalili wrote:<br>
> Dear Ben,<br>
><br>
> Many thanks for your helping. It worked and I can see the orbitals now.<br>
> May ask a question that how I can find that the states of 52 and 53 are<br>
> related to HOMO and LUMO? Is it related to the number of eigenvalues in<br>
> detailed.out file?<br>
><br>
> Best wishes,<br>
> Raha<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> On Tue, Aug 2, 2016 at 4:02 AM, Ben Hourahine<br>
> <<a href="mailto:benjamin.hourahine@strath.ac.uk">benjamin.hourahine@strath.ac.uk</a><br>
</span><div><div class="h5">> <mailto:<a href="mailto:benjamin.hourahine@strath.ac.uk">benjamin.hourahine@strath.ac.uk</a>>> wrote:<br>
><br>
>     Hello Raha,<br>
><br>
>     How are you opening the cube files? After running your input files, I<br>
>     started the jmol console up and then typed<br>
><br>
>     cubefile = "wp-1-1-4-real.cube"<br>
>     isovalue = 0.01<br>
>     load @cubefile<br>
>     isosurface plus @isovalue @cubefile<br>
>     isosurface fill translucent<br>
>     isosurface minus @{isovalue * -1} @cubefile<br>
>     isosurface color red<br>
>     isosurface fill translucent<br>
><br>
>     and this seemed to work for what I assume eigenstate 4 (specified in<br>
>     PlottedLevels) should look like. You probably should be plotting states<br>
>     52 and 53 for the HOMO and LUMO levels.<br>
><br>
>     Regards<br>
><br>
>     Ben<br>
><br>
>     On 01/08/16 19:24, Raha khalili wrote:<br>
>     > Dear All,<br>
>     ><br>
>     > I have done some calculation on a single molecular junction and wanted to<br>
>     > plot HOMO and HOMO-1 charge distribution of the central molecule of my<br>
>     > considered system. As first step I followed the procedure introduced here (<br>
>     > <a href="http://www.dftb-plus.info/fileadmin/DFTB-Plus/public/tools/waveplot/howtos/first_steps/html/node1.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.dftb-plus.info/fileadmin/DFTB-Plus/public/tools/waveplot/howtos/first_steps/html/node1.html</a>).<br>
>     > After doing DFTB+ calculation to find optimized geometry as well as<br>
>     > detailed.xml and Eigenvec.bin files, I used the waveplot input file in the<br>
>     > link. But after visualization of cube files by jmol, I can not see the<br>
>     > charge distribution and only the original structure can be seen.<br>
>     ><br>
>     > Here are attached the input files.<br>
>     > Any help is really appreciated.<br>
>     ><br>
>     > Kind wishes,<br>
>     > Raha<br>
>     ><br>
>     ><br>
>     ><br>
>     > _______________________________________________<br>
>     > DFTB-Plus-User mailing list<br>
>     > <a href="mailto:DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de">DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</a><br>
</div></div>>     <mailto:<a href="mailto:DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de">DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</a>><br>
<span class="">>     ><br>
>     <a href="https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user</a><br>
>     ><br>
><br>
>     --<br>
><br>
>           Dr. B. Hourahine, SUPA, Department of Physics,<br>
>         University of Strathclyde, John Anderson Building,<br>
>                 107 Rottenrow, Glasgow G4 0NG, UK.<br>
>         +44 141 548 2325, <a href="mailto:benjamin.hourahine@strath.ac.uk">benjamin.hourahine@strath.ac.uk</a><br>
</span>>     <mailto:<a href="mailto:benjamin.hourahine@strath.ac.uk">benjamin.hourahine@strath.ac.uk</a>><br>
<span class="">><br>
>     2013/14 THE Awards Entrepreneurial University of the Year<br>
>           2012/13 THE Awards UK University of the Year<br>
><br>
>        The University of Strathclyde is a charitable body,<br>
>             registered in Scotland, number SC015263<br>
>     _______________________________________________<br>
>     DFTB-Plus-User mailing list<br>
>     <a href="mailto:DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de">DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</a><br>
</span>>     <mailto:<a href="mailto:DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de">DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</a>><br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">>     <a href="https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user</a><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> Khadijeh Khalili<br>
> Nanotechnology group, Physics department, university of Mazandaran<br>
> Babolsar, Iran<br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> DFTB-Plus-User mailing list<br>
> <a href="mailto:DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de">DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</a><br>
> <a href="https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user</a><br>
><br>
<br>
--<br>
      Dr. B. Hourahine, SUPA, Department of Physics,<br>
    University of Strathclyde, John Anderson Building,<br>
            107 Rottenrow, Glasgow G4 0NG, UK.<br>
    +44 141 548 2325, <a href="mailto:benjamin.hourahine@strath.ac.uk">benjamin.hourahine@strath.ac.uk</a><br>
<br>
2013/14 THE Awards Entrepreneurial University of the Year<br>
      2012/13 THE Awards UK University of the Year<br>
<br>
   The University of Strathclyde is a charitable body,<br>
        registered in Scotland, number SC015263<br>
_______________________________________________<br>
DFTB-Plus-User mailing list<br>
<a href="mailto:DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de">DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</a><br>
<a href="https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user</a></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Khadijeh Khalili<br></div><div></div>Nanotechnology group, Physics department, university of Mazandaran<br></div><div>Babolsar, Iran<br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>