<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;">
<div>Hi Tim,</div>
<div><br>
</div>
<div>Take a look at the following modifications:</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>Geometry = GenFormat {</div>
<div> <<< "GrapheneInput.gen" </div>
<div>}</div>
<div>Driver = VelocityVerlet {</div>
<div>    MovedAtoms = Range { 1 -1 }</div>
<div>    Steps = <span style="font-family: Calibri, 'Segoe UI', ????, Meiryo, 'Microsoft YaHei UI', 'Microsoft JhengHei UI', 'Malgun Gothic', sans-serif; font-size: 16px;">1000000</span></div>
<div>    TimeStep = 400.0e-15</div>
<div>    KeepStationary = No    </div>
<div>    MDRestartFrequency=10</div>
<div>    Thermostat = NoseHoover{</div>
<div>    Temperature[Kelvin] = 1500</div>
<div>#  ReselectProbability = 0.5</div>
<div>#ReselectIndividually = Yes</div>
<div>#AdaptFillingTemp = Yes</div>
<div>    CouplingStrength=100 }</div>
<div>    OutputPrefix = "GrapheneInput.out" </div>
<div>}</div>
<div><br>
</div>
<div>Hamiltonian = DFTB {</div>
<div>  SCC = Yes</div>
<div>  SCCTolerance = 1.0e-5</div>
<div>  MaxSCCIterations = 1000</div>
<div>  Mixer = Broyden {</div>
<div>    MixingParameter = 0.2 </div>
<div>  }</div>
<div>  SlaterKosterFiles = {</div>
<div>    C-C = "C-C.skf"</div>
<div>  }</div>
<div>  MaxAngularMomentum = {</div>
<div>    C = "p" </div>
<div>  }</div>
<div>  Charge = 0.0</div>
<div>  SpinPolarisation = {}      </div>
<div>  Filling = Fermi {</div>
<div>    Temperature [Kelvin] = 100.0</div>
<div>  }</div>
<div>  KPointsAndWeights= {0 0 0 1 }</div>
<div>}</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Options = {}</div>
<div><br>
</div>
<div>ParserOptions = {</div>
<div>  ParserVersion = 3</div>
<div>}</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Hopefully that helps.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best,</div>
<div><br>
</div>
<div>Nir</div>
<div><br>
</div>
<span id="OLK_SRC_BODY_SECTION">
<div style="font-family:Calibri; font-size:11pt; text-align:left; color:black; BORDER-BOTTOM: medium none; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0in; PADDING-LEFT: 0in; PADDING-RIGHT: 0in; BORDER-TOP: #b5c4df 1pt solid; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 3pt">
<span style="font-weight:bold">From: </span><<a href="mailto:dftb-plus-user-bounces@mailman.zfn.uni-bremen.de">dftb-plus-user-bounces@mailman.zfn.uni-bremen.de</a>> on behalf of "Fuhrer, Timothy" <<a href="mailto:tfuhrer@RADFORD.EDU">tfuhrer@RADFORD.EDU</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Reply-To: </span>User list for DFTB+ related questions <<a href="mailto:dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de">dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Date: </span>Thursday, June 2, 2016 at 11:11 AM<br>
<span style="font-weight:bold">To: </span>"<a href="mailto:dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de">dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de</a>" <<a href="mailto:dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de">dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Subject: </span>[DFTB-Plus-User] (no subject)<br>
</div>
<div><br>
</div>
<blockquote id="MAC_OUTLOOK_ATTRIBUTION_BLOCKQUOTE" style="BORDER-LEFT: #b5c4df 5 solid; PADDING:0 0 0 5; MARGIN:0 0 0 5;">
<div>
<meta name="generator" content="Windows Mail 17.5.9600.20911">
<style data-externalstyle="true"><!--
p.MsoListParagraph, li.MsoListParagraph, div.MsoListParagraph {
margin-top:0in;
margin-right:0in;
margin-bottom:0in;
margin-left:.5in;
margin-bottom:.0001pt;
}
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {
margin:0in;
margin-bottom:.0001pt;
}
p.MsoListParagraphCxSpFirst, li.MsoListParagraphCxSpFirst, div.MsoListParagraphCxSpFirst, 
p.MsoListParagraphCxSpMiddle, li.MsoListParagraphCxSpMiddle, div.MsoListParagraphCxSpMiddle, 
p.MsoListParagraphCxSpLast, li.MsoListParagraphCxSpLast, div.MsoListParagraphCxSpLast {
margin-top:0in;
margin-right:0in;
margin-bottom:0in;
margin-left:.5in;
margin-bottom:.0001pt;
line-height:115%;
}
--></style>
<div dir="ltr">
<div data-externalstyle="false" dir="ltr" style="font-family: 'Calibri', 'Segoe UI', 'Meiryo', 'Microsoft YaHei UI', 'Microsoft JhengHei UI', 'Malgun Gothic', 'sans-serif';font-size:12pt;">
<div><font face="Times New Roman"></font></div>
<p class="defaultFont" style="margin: 0in 0in 0pt;"><font face="Calibri Regular">Hello
</font><span style="font-family: Wingdings;">J</span></p>
<div><font face="Times New Roman"></font></div>
<p class="defaultFont" style="margin: 0in 0in 0pt;"><font face="Calibri Regular"> </font></p>
<div><font face="Times New Roman"></font></div>
<p class="defaultFont" style="margin: 0in 0in 0pt;"><font face="Calibri Regular">We are trying to run a molecular dynamics simulation on a large graphene sheet and are having trouble coding the input and were wondering if you could help.  I have included the .hsd
 file I am using below my signature, but the error we keep getting is “HSD parser error: File ‘dftb_in.hsd’, Line 34.”.  We keep moving and removing enter strikes and get ether that error or a “missing child” error depending on what we move where.  Please let
 me know if you know of anything we are missing.  One of the issues we fixed earlier is converting {} notation to ‘’ and I am not sure that isn’t causing part of the problem:</font></p>
<div><font face="Times New Roman"></font></div>
<p class="defaultFont" style="margin: 0in 0in 0pt;"><font face="Calibri Regular"> </font></p>
<div><font face="Times New Roman"></font></div>
<p class="defaultFont" style="margin: 0in 0in 0pt;"><font face="Calibri Regular">Thanks so much</font></p>
<div><font face="Times New Roman"></font></div>
<p class="defaultFont" style="margin: 0in 0in 0pt;"><font face="Calibri Regular">~Tim Fuhrer</font></p>
<div><font face="Times New Roman"></font></div>
<p class="defaultFont" style="margin: 0in 0in 0pt;"><font face="Calibri Regular">Assistant Professor of Chemistry</font></p>
<div><font face="Times New Roman"></font></div>
<p class="defaultFont" style="margin: 0in 0in 0pt;"><font face="Calibri Regular">Radford University.</font></p>
<p class="defaultFont" style="margin: 0in 0in 0pt;"><font face="Times New Roman"></font><br>
</p>
<p class="defaultFont" style="margin: 0in 0in 0pt;"><font face="Times New Roman Regular">Here’s the input:</font></p>
<div><font face="Times New Roman"></font></div>
<div>Geometry = GenFormat '<br>
 <<< "GrapheneInput.gen" '<br>
Driver = VelocityVerlet '<br>
  MovedAtoms = Range ' 1 -1 '<br>
  Steps = 1000000<br>
  TimeStep = 400.0e-15<br>
  KeepStationary = No    <br>
  MDRestartFrequency=10<br>
  Thermostat = NoseHoover'<br>
  Temperature[Kelvin] = 1500<br>
#  ReselectProbability = 0.5<br>
#ReselectIndividually = Yes<br>
#AdaptFillingTemp = Yes<br>
  CouplingStrength=100 '<br>
  OutputPrefix = "GrapheneInput.out" '</div>
<div><br>
</div>
<div>Hamiltonian = DFTB '<br>
  SCC = Yes<br>
  SCCTolerance = 1.0e-5<br>
  MaxSCCIterations = 1000<br>
  Mixer = Broyden '<br>
    MixingParameter = 0.2'</div>
<div><br>
</div>
<div>SlaterKosterFiles = '<br>
    C-C = "C-C.skf"'<br>
  MaxAngularMomentum = '<br>
    C = "p" '<br>
  Charge = 0.0<br>
  SpinPolarisation = ''      <br>
  Filling = Fermi '<br>
    Temperature [Kelvin] = 100.0'<br>
'</div>
<div><br>
</div>
<div>Options = ''</div>
<div><br>
</div>
<div>ParserOptions = '<br>
  ParserVersion = 3<br>
'<br>
<br>
</div>
<div data-signatureblock="true">
<div><br>
</div>
<div>Sent from Windows Mail</div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</span>
<div><br>
</div>
<div>
<div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>-- </div>
<div>Nir Goldman</div>
<div>Material Sciences Division, PLS</div>
<div>Lawrence Livermore National Laboratory</div>
<div>P.O. Box 808, L-288</div>
<div>Livermore, CA 94551-0808</div>
<div>Phone: (925) 422-3994</div>
<div>Fax: (925) 422-2382</div>
<div>https://pls.llnl.gov/people/staff-bios/msd/goldman-n</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>