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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Dear Raha,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I ran the calculation with a k-point separation of 0.02 1/Å.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I had a quick  comparison between our input files.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I am running with a significantly larger structure. I noticed that you only have about 80 atoms in your electrode. Are you sure that is big enough? My electrode
 is about 120 atoms, the Materials Studio setup automatically calculate a safe electrode size using the skf input and expands the initial structure to allow for the larger electrode. So my calculation had larger electrodes and a longer device section.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I attached the hsd file used for the transmission calculation.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Best Regards,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Martin<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> dftb-plus-user-bounces@mailman.zfn.uni-bremen.de [mailto:dftb-plus-user-bounces@mailman.zfn.uni-bremen.de]
<b>On Behalf Of </b>Raha khalili<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, April 05, 2016 5:15 PM<br>
<b>To:</b> User list for DFTB+ related questions<br>
<b>Subject:</b> Re: [DFTB-Plus-User] single molecule transmission<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Dear Martin,<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal">Thanks a lot for your email. Quite interesting!! Here is attached the final transmission plot for my calculation in addition to input files. I also used mio parameter set.
<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">May I ask you which k-point sampling did you use? I am trying to change different parameters to find the solution.<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal">Best,<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal">Raha<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On Tue, Apr 5, 2016 at 5:17 PM, PERSSON Martin <<a href="mailto:Martin.PERSSON@3ds.com" target="_blank">Martin.PERSSON@3ds.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I took your geometry and ran it through the Materials Studio version of DFTB+ using the mio library.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I don’t get any peak at the Fermi level.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Best Regards,</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Martin</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">
<a href="mailto:dftb-plus-user-bounces@mailman.zfn.uni-bremen.de" target="_blank">
dftb-plus-user-bounces@mailman.zfn.uni-bremen.de</a> [mailto:<a href="mailto:dftb-plus-user-bounces@mailman.zfn.uni-bremen.de" target="_blank">dftb-plus-user-bounces@mailman.zfn.uni-bremen.de</a>]
<b>On Behalf Of </b>Raha khalili<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, April 05, 2016 11:41 AM<br>
<b>To:</b> User list for DFTB+ related questions<br>
<b>Subject:</b> Re: [DFTB-Plus-User] single molecule transmission</span><o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt">Dear Alessandro,<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt">Very thanks for your kind helping. It worked well. I changed the geometry and found the transmission  (here is attached) but i am not sure whether it is correct or not. It seems to have
 a peak at fermi level means the structure behaves metallic that may not be in agreement with DFT calculation for benzene+cnt electrodes (J. Phys. Chem. A 2009, 113, 4100–4104). It will be very kind of to help me in this case.<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Best regards,<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Raha<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">On Tue, Apr 5, 2016 at 12:50 PM, Alessandro Pirrotta <<a href="mailto:alessandro.pirrotta@chem.ku.dk" target="_blank">alessandro.pirrotta@chem.ku.dk</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Dear Raha,
<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">I have encountered this issue before. I think your only problem is the ordering of the atoms of your contacts.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Please, have a look at section 2.1.1.2 of this <a href="http://www.dftb-plus.info/fileadmin/DFTB-Plus/public/recipes-negf/html/transport/specifying_geometry.html" target="_blank">guide</a> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><a href="http://www.dftb-plus.info/fileadmin/DFTB-Plus/public/recipes-negf/html/transport/specifying_geometry.html" target="_blank">http://www.dftb-plus.info/fileadmin/DFTB-Plus/public/recipes-negf/html/transport/specifying_geometry.html</a><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">Cheers,</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">Alessandro</span><o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><strong><span style="font-size:7.5pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:gray">Alessandro Pirrotta</span></strong><span style="font-size:7.5pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:gray"><br>
PhD student</span><o:p></o:p></p>
</div>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-family:"Arial","sans-serif""> </span><o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt"><strong><span style="font-size:7.5pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:gray">Faculty of Science</span></strong><b><span style="font-size:7.5pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:gray"><br>
</span></b><span style="font-size:7.5pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:gray">Department of Chemistry &<br>
Nano-Science Center<br>
University of Copenhagen<br>
Universitetsparken 5, C321<br>
2100 Copenhagen Ø<br>
Denmark<br>
<br>
DIR +45 21 18 11 90<br>
MOB +45 52 81 23 41</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:gray"><a href="mailto:alessandro.pirrotta@chem.ku.dk" target="_blank"><span style="font-size:7.5pt;font-family:"Verdana","sans-serif"">alessandro.pirrotta@chem.ku.dk</span></a></span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:7.5pt;font-family:"Verdana","sans-serif""><a href="http://nano.ku.dk/english/research/nanochemistry/solomon_group/" target="_blank">http://nano.ku.dk/english/research/nanochemistry/solomon_group/</a></span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><a href="http://www.ki.ku.dk/" target="_blank"><span style="font-size:7.5pt;font-family:"Verdana","sans-serif"">www.ki.ku.dk</span></a><o:p></o:p></p>
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</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
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<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
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<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">On 05 Apr 2016, at 08:54, Raha khalili <<a href="mailto:khadije.khalili@gmail.com" target="_blank">khadije.khalili@gmail.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt">Hello!<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt">I am trying to find transmission of a single molecule sandwiched between two CNT electrodes. My calculations got converged but the final transmission order is very low, almost zero.
<br>
Here are attached the input and ouput files. Any help will be really appreciated.<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Best regards,<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Raha<br clear="all">
<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><br>
-- <o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Khadijeh Khalili<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Nanotechnology group, Physics department, university of Mazandaran<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Babolsar, Iran<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><geom.gen><tunneling.dat><dftb_in.hsd.device><detailed.out>_______________________________________________<br>
DFTB-Plus-User mailing list<br>
<a href="mailto:DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de" target="_blank">DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</a><br>
<a href="https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user" target="_blank">https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user</a><o:p></o:p></p>
</div>
</blockquote>
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<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
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</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt"><br>
_______________________________________________<br>
DFTB-Plus-User mailing list<br>
<a href="mailto:DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de" target="_blank">DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</a><br>
<a href="https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user" target="_blank">https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user</a><o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><br>
<br clear="all">
<br>
-- <o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Khadijeh Khalili<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Nanotechnology group, Physics department, university of Mazandaran<o:p></o:p></p>
</div>
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<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Babolsar, Iran<o:p></o:p></p>
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<p style="mso-margin-top-alt:0in;margin-right:0in;margin-bottom:0in;margin-left:35.4pt;margin-bottom:.0001pt">
<i><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#9D9D9D">This email and any attachments are intended solely for the use of the individual or entity to whom it is addressed and may be confidential and/or privileged.<o:p></o:p></span></i></p>
<p style="mso-margin-top-alt:0in;margin-right:0in;margin-bottom:0in;margin-left:35.4pt;margin-bottom:.0001pt">
<i><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#9D9D9D">If you are not one of the named recipients or have received this email in error,
<o:p></o:p></span></i></p>
<p style="mso-margin-top-alt:0in;margin-right:0in;margin-bottom:0in;margin-left:35.4pt;margin-bottom:.0001pt">
<i><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#9D9D9D">(i) you should not read, disclose, or copy it,<o:p></o:p></span></i></p>
<p style="mso-margin-top-alt:0in;margin-right:0in;margin-bottom:0in;margin-left:35.4pt;margin-bottom:.0001pt">
<i><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#9D9D9D">(ii) please notify sender of your receipt by reply email and delete this email and all attachments,<o:p></o:p></span></i></p>
<p style="mso-margin-top-alt:0in;margin-right:0in;margin-bottom:0in;margin-left:35.4pt;margin-bottom:.0001pt">
<i><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#9D9D9D">(iii) Dassault Systemes does not accept or assume any liability or responsibility for any use of or reliance on this email.<o:p></o:p></span></i></p>
<p style="mso-margin-top-alt:0in;margin-right:0in;margin-bottom:0in;margin-left:35.4pt;margin-bottom:.0001pt">
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DFTB-Plus-User mailing list<br>
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<a href="https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user" target="_blank">https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user</a><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">Khadijeh Khalili<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">Nanotechnology group, Physics department, university of Mazandaran<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">Babolsar, Iran<o:p></o:p></p>
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This email and any attachments are intended solely for the use of the individual or entity to whom it is addressed and may be confidential and/or privileged.</p>
<p style="FONT-SIZE: 9pt; MARGIN: 0px 0px 0px 35.4pt; COLOR: #9d9d9d; FONT-STYLE: italic; FONT-FAMILY: Arial, Helvetica, sans-serif">
If you are not one of the named recipients or have received this email in error, </p>
<p style="FONT-SIZE: 9pt; MARGIN: 0px 0px 0px 35.4pt; COLOR: #9d9d9d; FONT-STYLE: italic; FONT-FAMILY: Arial, Helvetica, sans-serif">
(i) you should not read, disclose, or copy it,</p>
<p style="FONT-SIZE: 9pt; MARGIN: 0px 0px 0px 35.4pt; COLOR: #9d9d9d; FONT-STYLE: italic; FONT-FAMILY: Arial, Helvetica, sans-serif">
(ii) please notify sender of your receipt by reply email and delete this email and all attachments,</p>
<p style="FONT-SIZE: 9pt; MARGIN: 0px 0px 0px 35.4pt; COLOR: #9d9d9d; FONT-STYLE: italic; FONT-FAMILY: Arial, Helvetica, sans-serif">
(iii) Dassault Systemes does not accept or assume any liability or responsibility for any use of or reliance on this email.</p>
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