Dear Ben,<br><br>Unfortunately, my happiness came too early... . As the optimization proceeds <br>my system blows up. All bonds break down and atoms just fly into space... .<br>I have noticed that all oxygen and sulfur atoms get charges equal ca. +1.5 <br>for the "optimized" structure. In fact, the breakdown of all of my systems <br>begins just after first optimization step. What would you suggest? <br>Different initial charges?<br><br>Best regards,<br>Dawid Grabarek<br><br>----- oryginalna wiadomość -----<br>od: Ben Hourahine <benjamin.hourahine@strath.ac.uk><br>data: czwartek, luty 18, 2016 16:29<br>temat: Re: [DFTB-Plus-User] SCC does not converge.<br>do: dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de<br><br><span><p>        <meta content="text/html; charset=windows-1252" http-equiv="Content-Type">      <table><tbody><tr><td text="#000000" bgcolor="#FFFFFF"><p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>     Hello Dawid,<br>     <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>     have you tried a finite electronic temperature (this can really help     with self consistency)?<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>     The attached example was at 0 Kelvin, I'd suggest something like     room temperature as a first test.<br>     <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>     Also the SCC tollerance you are using is quite small (try the     default value, unless there is a good reason otherwise).<br>     <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>     Regards<br>     <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>     Ben<br>     <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font><br>     </p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font><div class="moz-cite-prefix"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>On 07/02/16 21:11, Dawid Grabarek       wrote:<br>     </div>     <blockquote cite="mid:fb93e62d69e0b.56b7c111@pwr.wroc.pl" type="cite">       <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;         charset=windows-1252"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       Dear DFTB+ Experts,<br>       <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       I want to perform geometry optimization of a system consisting of       increasing <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       number of amino acid residues.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       I have managed to successfully perform optimization for system up       to <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       1870 atoms, using non-SCC DFTB approach.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       However when I want to use SCC-DFTB3 for system larger than 460       atoms, <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       the charges do not converge even after a few thousand iterations.       The iteration <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       does not proceed in fact.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       I attach part of my output file:<br>       <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9976   -0.21529827E+03   -0.13123659E+02    0.53106709E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9977   -0.17459612E+03    0.40702148E+02    0.53210677E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9978   -0.20103686E+03   -0.26440744E+02    0.53230816E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9979   -0.24096058E+03   -0.39923717E+02    0.53269557E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9980   -0.19704089E+03    0.43919692E+02    0.53385778E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9981   -0.21818849E+03   -0.21147597E+02    0.53345550E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9982   -0.25301554E+03   -0.34827052E+02    0.53358740E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9983   -0.27482831E+03   -0.21812768E+02    0.53316452E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9984   -0.29608303E+03   -0.21254728E+02    0.53454981E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9985   -0.26626843E+03    0.29814602E+02    0.53557124E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9986   -0.29473653E+03   -0.28468098E+02    0.53569507E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9987   -0.25516950E+03    0.39567029E+02    0.53763278E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9988   -0.28536057E+03   -0.30191072E+02    0.53798582E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9989   -0.28895556E+03   -0.35949882E+01    0.53806192E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9990   -0.22896112E+03    0.59994443E+02    0.53836906E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9991   -0.22485550E+03    0.41056157E+01    0.53812648E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9992   -0.22164301E+03    0.32124948E+01    0.53759401E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9993   -0.16929036E+03    0.52352651E+02    0.53873225E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9994   -0.19352833E+03   -0.24237970E+02    0.53825003E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9995   -0.16294863E+03    0.30579698E+02    0.53834931E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9996   -0.11288863E+03    0.50060003E+02    0.53970748E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9997   -0.10136437E+03    0.11524262E+02    0.53984882E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9998   -0.10537121E+03   -0.40068449E+01    0.53984460E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        9999   -0.84099319E+02    0.21271891E+02    0.53857706E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       10000   -0.76159647E+02    0.79396717E+01    0.53785016E+01<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        Total Energy:                     -66.7997002259 H<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>        Total Mermin free energy:         -66.7997002259 H<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       ERROR!<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       -> SCC is NOT converged, maximal SCC iterations exceeded<br>       <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       I know that going up to 10 000 is crazy but just wanted to see       what will happen.<br>       <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       Anyway, I also attach two input files for systems for which I       cannot <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       reach the SCC convergence. What is more I also attach a PDF file       which contains <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       various parameters combination that I used to check whether       changing <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       parameters and Mixer will allow to reach convergence. <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       I did that based on what I read in paper by V. Eyert (Journal of<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       Computational Physics, 124, 271-285, 1996).<br>       <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       Best wishes,<br>       <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       Dawid Grabarek<br>       <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font><br>       <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font><br>       <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       -------<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       Dawid Grabarek, M.Sc.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       Wroclaw University of Technology<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       Faculty of Chemistry<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>       Advanced Materials Modelling and Engineering Group<br>       <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font><br>       <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>       <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font><br>       <pre wrap=""><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>_______________________________________________ > DFTB-Plus-User mailing list > <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="javascript:main.compose('new', 't=DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de')">DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</a> <a class="moz-txt-link-freetext" href="https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user" target="1">https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user</a> </pre>     </blockquote>     <br>     <pre class="moz-signature" cols="72"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>--  >       Dr. B. Hourahine, SUPA, Department of Physics, >     University of Strathclyde, John Anderson Building, >             107 Rottenrow, Glasgow G4 0NG, UK. >     +44 141 548 2325, <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="javascript:main.compose('new', 't=benjamin.hourahine@strath.ac.uk')">benjamin.hourahine@strath.ac.uk</a> >  > 2013/4 THE Awards Entrepreneurial University of the Year >       2012/13 THE Awards UK University of the Year >  >    The University of Strathclyde is a charitable body, >         registered in Scotland, number SC015263</pre>   </td></tr></tbody></table>  </p></span>> _______________________________________________<br>> DFTB-Plus-User mailing list<br>> DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de<br>> https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-<br>> plus-user<br><br>-------<br>Dawid Grabarek, M.Sc.<br>Wroclaw University of Technology<br>Faculty of Chemistry<br>Advanced Materials Modelling and Engineering Group<br>