<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=windows-1250">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;">
<div style="font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;">Dear Dawid,</div>
<div style="font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;"><br>
</div>
<div style="font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;">I was able to run a number of geometry optimization steps on the larger system you sent earlier (chromo-0.5.gen) by including the following in your input file:</div>
<div style="font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;"><br>
</div>
<div>
<p style="margin: 0px;">  Filling = Fermi {</p>
<p style="margin: 0px;">    Temperature [Kelvin] = 300.0</p>
<p style="margin: 0px;">  }</p>
<p style="margin: 0px;"><br>
</p>
<p style="margin: 0px;">I also changed the SCC convergence to 1e-6, which likely helped speed things up.</p>
<p style="margin: 0px;"><br>
</p>
<p style="margin: 0px;">Setting the electronic temperature to a non-zero value allows for the Mermin functional to be calculated, which essentially “smears" the electrons to excited states by computing fractional occupancies for the system according to the
 Fermi-Dirac distribution.  This can effect can be very important to systems with molecular ions, for example, which can exhibit thermal electronic excitations even at relatively low temperature. </p>
<p style="margin: 0px;"><br>
</p>
<p style="margin: 0px;">Hope that helps,</p>
<p style="margin: 0px;"><br>
</p>
<p style="margin: 0px;">Nir</p>
</div>
<div style="font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;"><br>
</div>
<span id="OLK_SRC_BODY_SECTION" style="font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;">
<div style="font-family:Calibri; font-size:11pt; text-align:left; color:black; BORDER-BOTTOM: medium none; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0in; PADDING-LEFT: 0in; PADDING-RIGHT: 0in; BORDER-TOP: #b5c4df 1pt solid; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 3pt">
<span style="font-weight:bold">From: </span><<a href="mailto:dftb-plus-user-bounces@mailman.zfn.uni-bremen.de">dftb-plus-user-bounces@mailman.zfn.uni-bremen.de</a>> on behalf of Dawid Grabarek <<a href="mailto:dawid.grabarek@pwr.edu.pl">dawid.grabarek@pwr.edu.pl</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Reply-To: </span>User list for DFTB+ related questions <<a href="mailto:dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de">dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Date: </span>Thursday, February 18, 2016 at 10:43 AM<br>
<span style="font-weight:bold">To: </span>User list for DFTB+ related questions <<a href="mailto:dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de">dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Subject: </span>Re: [DFTB-Plus-User] SCC does not converge.<br>
</div>
<div><br>
</div>
<blockquote id="MAC_OUTLOOK_ATTRIBUTION_BLOCKQUOTE" style="BORDER-LEFT: #b5c4df 5 solid; PADDING:0 0 0 5; MARGIN:0 0 0 5;">
<div>
<div>Dear Ben,<br>
<br>
Unfortunately, my happiness came too early... . As the optimization proceeds <br>
my system blows up. All bonds break down and atoms just fly into space... .<br>
I have noticed that all oxygen and sulfur atoms get charges equal ca. +1.5 <br>
for the "optimized" structure. In fact, the breakdown of all of my systems <br>
begins just after first optimization step. What would you suggest? <br>
Different initial charges?<br>
<br>
Best regards,<br>
Dawid Grabarek<br>
<br>
----- oryginalna wiadomość -----<br>
od: Ben Hourahine <<a href="mailto:benjamin.hourahine@strath.ac.uk">benjamin.hourahine@strath.ac.uk</a>><br>
data: czwartek, luty 18, 2016 16:29<br>
temat: Re: [DFTB-Plus-User] SCC does not converge.<br>
do: <a href="mailto:dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de">dftb-plus-user@mailman.zfn.uni-bremen.de</a><br>
<br>
<span>
<p>
<table>
<tbody>
<tr>
<td text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
<p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>Hello Dawid,<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font><br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>have you tried a finite electronic temperature (this can really help with self consistency)?<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>The attached example was at 0 Kelvin, I'd suggest something like room temperature as a first test.<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font><br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>Also the SCC tollerance you are using is quite small (try the default value, unless there is a good reason otherwise).<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font><br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>Regards<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font><br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>Ben<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font><br>
</p>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>
<div class="moz-cite-prefix"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>On 07/02/16 21:11, Dawid Grabarek wrote:<br>
</div>
<blockquote cite="mid:fb93e62d69e0b.56b7c111@pwr.wroc.pl" type="cite"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>Dear DFTB+ Experts,<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font><br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>I want to perform geometry optimization of a system consisting of increasing
<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>number of amino acid residues.<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>I have managed to successfully perform optimization for system up to <br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>1870 atoms, using non-SCC DFTB approach.<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>However when I want to use SCC-DFTB3 for system larger than 460 atoms, <br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>the charges do not converge even after a few thousand iterations. The iteration
<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>does not proceed in fact.<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>I attach part of my output file:<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font><br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9976   -0.21529827E+03   -0.13123659E+02    0.53106709E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9977   -0.17459612E+03    0.40702148E+02    0.53210677E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9978   -0.20103686E+03   -0.26440744E+02    0.53230816E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9979   -0.24096058E+03   -0.39923717E+02    0.53269557E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9980   -0.19704089E+03    0.43919692E+02    0.53385778E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9981   -0.21818849E+03   -0.21147597E+02    0.53345550E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9982   -0.25301554E+03   -0.34827052E+02    0.53358740E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9983   -0.27482831E+03   -0.21812768E+02    0.53316452E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9984   -0.29608303E+03   -0.21254728E+02    0.53454981E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9985   -0.26626843E+03    0.29814602E+02    0.53557124E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9986   -0.29473653E+03   -0.28468098E+02    0.53569507E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9987   -0.25516950E+03    0.39567029E+02    0.53763278E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9988   -0.28536057E+03   -0.30191072E+02    0.53798582E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9989   -0.28895556E+03   -0.35949882E+01    0.53806192E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9990   -0.22896112E+03    0.59994443E+02    0.53836906E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9991   -0.22485550E+03    0.41056157E+01    0.53812648E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9992   -0.22164301E+03    0.32124948E+01    0.53759401E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9993   -0.16929036E+03    0.52352651E+02    0.53873225E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9994   -0.19352833E+03   -0.24237970E+02    0.53825003E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9995   -0.16294863E+03    0.30579698E+02    0.53834931E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9996   -0.11288863E+03    0.50060003E+02    0.53970748E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9997   -0.10136437E+03    0.11524262E+02    0.53984882E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9998   -0.10537121E+03   -0.40068449E+01    0.53984460E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> 9999   -0.84099319E+02    0.21271891E+02    0.53857706E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>10000   -0.76159647E+02    0.79396717E+01    0.53785016E+01<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> <br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> Total Energy:                     -66.7997002259 H<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font> Total Mermin free energy:         -66.7997002259 H<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>ERROR!<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>-> SCC is NOT converged, maximal SCC iterations exceeded<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font><br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>I know that going up to 10 000 is crazy but just wanted to see what will happen.<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font><br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>Anyway, I also attach two input files for systems for which I cannot <br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>reach the SCC convergence. What is more I also attach a PDF file which contains
<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>various parameters combination that I used to check whether changing <br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>parameters and Mixer will allow to reach convergence. <br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>I did that based on what I read in paper by V. Eyert (Journal of<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>Computational Physics, 124, 271-285, 1996).<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font><br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>Best wishes,<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font><br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>Dawid Grabarek<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font><br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font><br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font><br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>-------<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>Dawid Grabarek, M.Sc.<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>Wroclaw University of Technology<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>Faculty of Chemistry<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font>Advanced Materials Modelling and Engineering Group<br>
<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">>
</font><br>
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">
> </font><br>
<pre wrap=""><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>_______________________________________________ > DFTB-Plus-User mailing list > <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="javascript:main.compose('new', 't=DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de')">DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</a> <a class="moz-txt-link-freetext" href="https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user" target="1">https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-plus-user</a> </pre>
</blockquote>
<br>
<pre class="moz-signature" cols="72"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">> </font>--  >       Dr. B. Hourahine, SUPA, Department of Physics, >     University of Strathclyde, John Anderson Building, >             107 Rottenrow, Glasgow G4 0NG, UK. >     +44 141 548 2325, <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="javascript:main.compose('new', 't=benjamin.hourahine@strath.ac.uk')">benjamin.hourahine@strath.ac.uk</a> >  > 2013/4 THE Awards Entrepreneurial University of the Year >       2012/13 THE Awards UK University of the Year >  >    The University of Strathclyde is a charitable body, >         registered in Scotland, number SC015263</pre>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</p>
</span>> _______________________________________________<br>
> DFTB-Plus-User mailing list<br>
> <a href="mailto:DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de">DFTB-Plus-User@mailman.zfn.uni-bremen.de</a><br>
> <a href="https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-">https://mailman.zfn.uni-bremen.de/cgi-bin/mailman/listinfo/dftb-</a><br>
> plus-user<br>
<br>
-------<br>
Dawid Grabarek, M.Sc.<br>
Wroclaw University of Technology<br>
Faculty of Chemistry<br>
Advanced Materials Modelling and Engineering Group<br>
</div>
</div>
</blockquote>
</span>
<div style="font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;"><br>
</div>
<div style="font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;">
<div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>-- </div>
<div>Nir Goldman</div>
<div>Material Sciences Division, PLS</div>
<div>Lawrence Livermore National Laboratory</div>
<div>P.O. Box 808, L-288</div>
<div>Livermore, CA 94551-0808</div>
<div>Phone: (925) 422-3994</div>
<div>Fax: (925) 422-2382</div>
<div>https://pls.llnl.gov/people/staff-bios/msd/goldman-n</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>